1944年6月6日，大约175名海军战斗拆除部队(ncdu)的成员——海军海豹突击队的前身——是第一批抵达诺曼底海滩的入侵部队。在德军的猛烈火力下，拆除者使用炸药为大约5000艘船只、1.1万架飞机和超过15万盟军士兵和水兵的大规模入侵扫清了道路。奥马哈海滩的ncdu被授予总统单位奖状，这是诺曼底军事行动中仅有的三个奖状之一。在奥马哈和犹他海滩的NCDU人员中，共有37人死亡，71人受伤;所有的伤亡都是敌人行动的结果，而不是对炸药的不当操作。52%的伤亡率是海军特种战史上最血腥的一天。
1943年11月，在塔拉瓦战役(Battle of Tarawa)中损失了3000多名海军陆战队员后，美国军方转向海军的特种作战部队，在盟军入侵前收集情报，并在南太平洋岛屿上航行。1945年4月1日，在盟军向日本本土发起的跳岛战役的关键最后一步——冲绳岛战役之前，近1000名美国海军水下爆破队(UDTs)的成员进行了侦察、调查和清理海滩的工作，为大约45万美国陆军和海军陆战队的登陆做准备。在第二次世界大战期间，总共约有3500名UDT“蛙人”服役，参加了太平洋上几乎每一次重大的两栖作战;共有83人死亡。udt是战争中获得勋章最多的战斗单位之一，获得750枚铜星勋章，150枚银星勋章，一枚海军十字勋章和几次总统嘉奖。
在越南战争期间，新成立的海豹突击队——因其在海、空、陆环境下的作战能力而被称为海豹突击队——最初的任务是训练南越本土部队作为海上突击队员作战。在冲突的后期，12人组成的海豹突击队在南越轮换部署，磨练了他们的战斗技能，并树立了他们作为特种作战精英部队的声誉。他们经常在夜间行动，从船上和直升机上部署，执行短期直接行动任务，如伏击、肇事逃逸袭击、人员营救、情报收集和侦察巡逻。越共称可怕的海豹突击队为“绿脸人”，因为他们喜欢用迷彩面部颜料。
美国和格林纳达之间日益紧张的关系在1983年底爆发，当时罗纳德·里根总统下令美国军队入侵这个加勒比海小国，推翻了其新的强硬的共产主义政府。官方称之为“紧急狂怒行动”(Operation Urgent Fury)，标志着海豹突击队自越战以来首次参加战斗。海豹突击队在入侵期间进行了突袭前的侦察，并成功营救并撤离了格林纳达总督保罗·斯库恩爵士(Sir Paul Scoon)。斯库恩爵士在邀请美国和其他加勒比国家进行军事干预后被软禁。一组海豹突击队的任务是占领岛上唯一的无线电塔，由于通讯故障，他们躲藏起来，受到古巴和格林纳达军队的猛烈攻击，险些遭遇灾难。在摧毁了塔楼并奋力向水里游去之后，他们设法游到了公海，几小时后被一架侦察机救起。
在入侵格林纳达六年后，海豹突击队被征召到另一个加勒比海国家:巴拿马。不仅该国总统曼努埃尔·诺列加(Manuel Noriega)在美国被指控犯有贩毒罪，他的安全部队也被指控骚扰居住在巴拿马的美国公民。1989年12月，乔治·布什总统发起了正义事业行动，旨在罢免诺列加并将他绳之以法。为了阻止诺列加逃跑，海豹突击队在派蒂亚机场(Paitilla airport)关闭了他的里尔喷气机(Learjet)，但付出了沉重的代价，四名海豹队员阵亡，八人受伤。最终，几个海豹突击队排找到并包围了诺列加，他在梵蒂冈驻巴拿马城大使馆避难，最终于1990年1月3日投降。
1990年8月，当萨达姆·侯赛因的伊拉克军队入侵科威特时，海豹突击队——以及美军的其他部队——面临着自越南战争以来的首次大规模冲突。在第一次海湾战争的准备阶段，海豹突击队沿着科威特海岸线执行了重要的侦察任务。1991年初，随着国际联军的地面行动开始，海豹突击队队员在海岸上安放了炸药，引爆后，伊拉克守军确信两栖登陆即将到来。伊拉克人向海岸投入了更多的兵力，使他们更容易受到美国海军陆战队随后向科威特中部推进的打击。
2005年6月28日，一支四人海豹突击队在阿富汗库纳尔省执行抓捕一名塔利班高级领导人的任务，途中遇到了几个当地的牧羊人。在确定他们不是敌方战斗人员后，海豹突击队根据交战规则放了他们。然而，很快，塔利班武装分子袭击了巡逻队;四名海豹突击队员中有三人阵亡，第四名海军士官马库斯·卢特雷尔(Marcus Luttrell)严重受伤，失去知觉。(勒特雷尔后来获救，并在他的畅销回忆录《孤独的幸存者》(Lone Survivor)中写下了这次任务)迈克尔·墨菲中尉(Michael Murphy)和另外两名在交火中丧生的海豹队员并不是当天唯一的伤亡人员:八名海豹队员和八名陆军第160特种部队作战团(SOAR)的成员也在敌人击落他们的支努克直升机时丧生。墨菲中尉因试图拯救他的团队而被追赠荣誉勋章。
近年来海豹突击队最著名的成功案例之一，是2009年4月，四名索马里海盗将商船“马士基阿拉巴马号”(MV Maersk Alabama)的船长理查德?菲利普斯(Richard Phillips)解救出来。其中三名海盗和菲利普斯一起乘坐一艘小救生艇逃离了这艘船，向索马里海岸驶去，美国海军舰艇在后面追击。在随后的对峙中，一支海豹突击队空降到该地区，登上了班布里奇号驱逐舰。在4月12日复活节那天，海盗们似乎要向菲利普斯开枪，这场危机戏剧性地结束了。班布里奇号尾尾的三名海豹突击队狙击手同时瞄准并扣动扳机，杀死了90英尺外漂浮的救生艇上的三名海盗。人质营救的细节后来被公开，这一事件后来被搬上大银幕，由汤姆·汉克斯(Tom Hanks)主演的热门电影《菲利普斯船长》(Captain Phillips)。
2011年5月2日，美国陆军空降部队(SOAR)的直升机将20多名海豹突击队员、一名普什图语翻译和一只比利时马里诺斯战斗犬送到位于巴基斯坦阿伯塔巴德的奥萨马·本·拉登的住所，对9·11恐怖袭击主使的长达10年的搜捕行动终于结束。在有条不紊地清理了一层和二层后，海豹突击队进入了三楼，在那里他们找到了基地组织领导人并杀死了他。除本拉登外，还有几名成年人在突袭中丧生，但院落里的几十名儿童安然无恙。整个手术耗时不到40分钟。就像击毙菲利普斯的狙击手一样，据报道，击毙本拉登的海豹突击队成员也来自海军特种作战发展小组(DEVGRU)，也就是众所周知的第六队。当他们的参与后来被公开后，海豹突击队，尤其是第六分队，成为了全球瞩目的对象，因为他们是精英战士，完成了历史上最引人注目的特种作战突袭。
2011年底，美国援助工作者杰西卡·布坎南(Jessica Buchanan)和她的丹麦同事保罗·斯蒂斯特(paul Thisted)在为一个名为丹麦救济委员会(Danish Relief Council)的非政府组织工作时，在索马里中北部城镇阿达多(Adado)附近被武装人员绑架，并被扣押了三个月。2012年1月25日晚，一架空军特种作战飞机载着大约24名操作人员——大部分来自devgruu——前往距离人质被关押地点约两英里的地方。在跳伞降落并穿过黑暗来到营地后，海豹突击队设法给绑架者一个惊喜，在几分钟内将他们全部杀死。布坎南和提斯列斯乘坐直升机被疏散到吉布提的美国基地，在那里他们接受了治疗。布坎南后来在她的书《不可能的几率》(Impossible Odds)中记录了这一经历，描述了在直升机上一位救援人员递给她一面折叠的美国国旗的那一刻。“我开始哭了，”她写道。“在那个时候，我从来没有为自己是美国人而感到如此自豪和高兴。”
