据了解，一名空中交通管制员告诉国土交通省的调查人员，他不知道日本海岸警卫队的一架飞机在与日本航空公司的一架飞机相撞之前曾进入羽田机场的跑道。
周三公布的通讯记录也没有显示，在空中交通管制员告诉JCG飞机在跑道外待命和大约两分钟后发生碰撞之间，发生了任何不寻常的事情。
国土、基础设施、交通和旅游部正在调查这起致命事件的情况。
羽田机场有4条跑道，每条跑道由2名空中交通管制员负责。在这两个控制员中，有一个控制员负责飞机从停机坪到滑行道的飞行。还有助理管制员，机场的空中交通管制人员通常总共有15人左右。
据交通部消息人士称，负责C跑道的空中交通管制员和其他人在接受当局采访时表示，他们不知道JCG飞机一直在以与空中交通管制指示不同的方式飞行。
通信记录显示，周二下午5点45分11分，在允许日航飞机降落后不久，负责C跑道的管制员指示JCG飞机前往滑行道上的等待点。JCG方面重复了指令。
在下午5点47分30分发生碰撞之前的大约两分钟里，空中交通管制中心与另外两架商用飞机进行了通信。与日航和JCG的飞机没有联系。
国土安全部还计划调查空中交通管制塔内部的通信问题。
周四上午，日本运输安全委员会(Japan Transport Safety Board)开始采访这架日航飞机上的机组人员。
包括50岁的机长在内的三名飞行员告诉内部调查，他们没有看到JCG的飞机。航空事故调查人员除了调查碰撞时的情况外，还计划调查他们在驾驶舱和其他地方的通讯情况。
周四上午，大都会警察局(Metropolitan Police Department)恢复了对C跑道的现场检查。JCG飞机的机长已经在自愿的基础上接受了采访，日航飞机上的乘客也在接受采访。
