一是工作性质，公务员主要从事国家行政事务；事业单位工作人员主要从事社会公益工作，或者说非营利性工作。
二是在工资收入方面，公务员的工资收入按照《国家公务员管理条例》发放，根据国家财力情况进行加薪；一般事业单位的工资收入不是国家同意的，由事业单位根据市场情况确定。一般来说，事业单位工作人员的工资收入高于公务员。
三是保险待遇方面，公务员享受的保险待遇参照《国家公务员管理条例》执行；事业单位工作人员享受的保险待遇按照国家有关社会保障规定执行，一般应逐步实行社会化。一般来说，公务员享受的福利待遇比事业单位好。
第四，在用人方面，公务员的录用、晋升、退休、辞退、辞职按照《国家公务员管理条例》执行；事业单位人员的聘用、晋升、退休、辞退等，按照国家劳动法的有关规定执行。但是事业单位对人事的管理权限更大。
